L’Institut d’Estudis Empordanesos treballa en un medi concret, l’Alt Empordà i l’Empordà per extensió, amb l’objectiu de contribuir al coneixement i la difusió de la cultura catalana des d’aquesta part del territori. I ho fa des dels àmbits que li són propis, la recerca i la difusió de les investigacions en els camps diversos de l’Arqueologia, la Història, la Geografia, l’Economia, les Ciències Naturals, les Ciències Socials i les Humanitats en general.

L’Institut d’Estudis Empordanesos s’interessa per tot el que fa referència a l’espai empordanès: tant del passat com del present, tant del patrimoni material com de l’immaterial, tant de la cultura passada i present, com de la realitat actual i futura. I amb una visió àmplia de país. Tot partint de la convicció que en un món globalitzat, treballar en petits espais de referència permet entendre realitats generals.

La seva principal línia d’actuació és la difusió de la recerca en l’àmbit empordanès, especialment a través de les publicacions pròpies: els Annals, les monografies i les biografies empordaneses.

Els Annals de l'Institut d'Estudis Empordanesos es publiquen des de l'any 1959 i recullen treballs de recerca inèdits, escrits preferentment en català, en el camp de les humanitats i de les ciències sobre temes relacionats amb l'Empordà.

Fins el volum 10, anys 1974-75, els Annals s'anomenaren Anales del Instituto de Estudios Ampurdaneses (ISSN-paper 1136-0364; ISSN-electronic 2014-8283)