O Annecy Football Club foi fundado sob seu nome atual em 1993 como a reencarnação do extinto Football Club d'Annecy. O FC Annecy, formado em 1927, passou a maior parte de sua história no futebol amador regional. O clube se profissionalizou em 1942, mas foi obrigado a retornar ao amadorismo um ano depois. Quando a Championnat National 2 foi formada para a temporada de 1948-49, o Annecy se tornou membro fundador. Após onze temporadas, o Annecy se tornou o campeão amador da França no final da temporada de 1959-60 e, após uma curta ascensão no início dos anos 1970, encolheu de volta à obscuridade que havia caracterizado seus primeiros dias.
O Annecy Football Club foi formado no mesmo dia do fim do FC Annecy, e assumiu uma posição na liga cinco níveis abaixo do antigo time na Promoção Rhône-Alpes Honneur Régional. O novo clube foi promovido em sua segunda temporada, e repetiu esse feito dois anos depois. Após nove anos no sexto nível, a Rhône-Alpes Honneur Ligue, o Annecy foi rebaixado novamente em 2007-08. Em 2013, o clube recuperou o nome histórico FC Annecy, e em 2015 venceu a Divisão Rhône-Alpes Honneur, para ganhar acesso ao Championnat National 3. Em 2016, o clube foi novamente promovido ao Championnat National 2. [2]
Nota: Bandeiras indicam equipe nacional, conforme definido pelas regras de elegibilidade da FIFA. Os jogadores podem ter mais de uma nacionalidade não-FIFA.
