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Commit 8570f33

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‎_portfolio/portfolio-1.md‎

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11
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2-
title: "Portfolio item number 1"
3-
excerpt: "Short description of portfolio item number 1<br/><img src="https://github.com/images/500x300.png">"
2+
title: "Tutorial 1"
3+
excerpt: "Tutorial de bash"
44
collection: portfolio
55
---
66

7-
This is an item in your portfolio. It can be have images or nice text. If you name the file .md, it will be parsed as markdown. If you name the file .html, it will be parsed as HTML.

‎_portfolio/portfolio-2.md‎

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1+
# Dinâmica Molecular
2+
3+
## Tutorial para instalação dos pacotes necessários
4+
5+
Neste ponto do curso você já deve saber como abrir o terminal da sua máquina
6+
virtual/laptop. Não assumirei que vocês sabem como usá-lo, mas adianto que
7+
em tempos de automação de trabalho, todos deveriam saber alguma coisa.
8+
9+
- [Link com comandos básicos](http://ringo.ams.stonybrook.edu/index.php/Unix)
10+
- [Link com tutorial de shell scripting](http://ringo.ams.stonybrook.edu/index.php/BASH_scripting)
11+
12+
### 1 - Instalar o Miniconda
13+
14+
Acesse o site `https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html` e faça o download
15+
da versão compatível com sua máquina virtual.
16+
17+
Como Ubuntu é uma distribuição Linux, desça a barra de rolagem e escolha na coluna
18+
Python 3.7 o link `Miniconda3 Linux 64-bit`. Um script `Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh`
19+
será salvo na pasta `Downloads`.
20+
21+
No terminal, digite:
22+
23+
```
24+
cd ~/
25+
mkdir local
26+
mv ~/Downloads/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh ~/local
27+
cd local
28+
bash Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh
29+
```
30+
31+
Esses comandos te levarão ao seu diretório principal (`cd ~/`) onde você criará
32+
uma pasta chamada `local` para onde você moverá o script salvo em `~/Downloads`.
33+
O comando `bash Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh` instalará o Miniconda.
34+
Aceite todas as condições que aparecerem na tela.
35+
36+
**Atenção:** Toda vez que quiser usar os pacotes instalados pelo `conda` você
37+
deverá garantir que um ambiente conda está sendo usado. Para isso, digite:
38+
39+
```
40+
which python
41+
```
42+
se o terminal retornar algo como `/usr/bin/python` sem referenciar `conda` ou
43+
`miniconda`, você deve executar o seguinte comando:
44+
45+
```
46+
conda activate
47+
```
48+
49+
### 2 - Instalar os pacotes usando o Miniconda.
50+
51+
`conda` é um administrador de pacotes em Python. Cada pacote contém livrarias de
52+
códigos que você pode reusar à vontade. Não é necessário reinventar a roda! Para
53+
instalar os pacotes principais faça, na seguinte ordem:
54+
55+
```
56+
conda install numpy
57+
conda install scipy
58+
conda install matplotlib
59+
conda install rdkit
60+
conda install -c conda-forge ambertools
61+
conda install -c omnia openmm
62+
conda install -c omnia mdtraj
63+
```
64+
65+
Aceite todas as condições que aparecerem na tela em cada uma dessas instalações.
66+
67+
### 3 - Instalar pacotes não-incluídos no Miniconda
68+
69+
Acesse o site `https://github.com/m3g/packmol/releases` e faça o download da
70+
versão mais recente do programa `packmol` no arquivo `tar.gz`.
71+
72+
Para acessar o conteúdo e compilar o programa na sua máquina virtual, copie
73+
`packmol.tar.gz` de `~/Downloads` para `~/local` e decompresse o arquivo com o
74+
seguinte comando:
75+
76+
```
77+
tar -xvf packmol.tar.gz
78+
```
79+
80+
Esse comando criará uma pasta chamada `packmol` dentro de `~/local`. Digite:
81+
82+
```
83+
cd packmol
84+
make
85+
```
86+
87+
Esse comando deve instalar `packmol` sem problemas na sua máquina virtual.
88+
Tendo dificuldades, confira como pode resolver o problem [neste link](http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/userguide.shtml#comp)
89+
90+
Digite no terminal
91+
92+
```
93+
cd ~/local
94+
git clone https://github.com/ParmEd/ParmEd
95+
```
96+
Essa sequência de comandos criará uma pasta chamada `ParmEd` em `local`. Para
97+
entrar e instalar o programa temos que:
98+
99+
```
100+
cd ParmEd
101+
python setup.py install
102+
```
103+
104+
**Pronto! Agora você tem tudo disponível para começar a estudar a parte prática
105+
da dinâmica molecular!**
106+

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