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Outra opção para quem quiser garantir a acomodação das cadeias laterais é restringir somente o esqueleto (opção `Backbone`).
207
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Para restringir o movimento de átomos pesados do ligante é necessário primeiramente criar um arquivo de índice que indica somente os átomos que não são hidrogênio:
208
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```bash
209
-
gmx make_ndx -f ${PDB}.gro -o index_lig.ndx
209
+
gmx make_ndx -f ${PDB}.gro -o index.ndx
210
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```
211
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No programa `gmx make_ndx` você escolhe a opção do ligante:
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