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Commit 44849b1

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_portfolio/portfolio-4.md

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Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -220,7 +220,10 @@ gmx genrestr -f ${PDB}.gro -n index_lig.ndx -o posre_lig.itp
220220
selecionando a opção que você gerou (algo como `LIG_&_!H*`. Isso gerará o arquivo desejado. Caso haja cofatores, é possível considerá-los parte da proteína, basta fazer as modificações textuais adequadas nos arquivos `.ndx` gerados.
221221

222222
*Importante!*
223-
Os arquivos `.itp` precisam ser numerados a partir de 1 e não do número do `.gro` do sistema. Se for uma subestrutura da proteína, às vezes pode ser necessário renumerar usando um script de python específico.
223+
Os arquivos `.itp` precisam ser numerados a partir de 1 e não do número do `.gro` do sistema. Se for uma subestrutura da proteína, às vezes pode ser necessário renumerar usando um script de python específico:
224+
```bash
225+
python ${path_to_script}/fix_itp.py -i posres.itp
226+
```
224227

225228

226229
#### Simulações de dinâmica molecular

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