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Commit ce0b5e6

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/* Comment faire pour lire une fichier de séquence, quel que soit son format, avec Biojavax? */
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_wikis/BioJava:CookbookFrench:SeqIO:ReadGESBiojavax.md

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les bases de données se conformant à BioSQL; cette classe inaugure
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également l'utilisation des *namespaces*. L'extension Biojavax permet

_wikis/BioJava:CookbookFrench:SeqIO:ReadGESBiojavax.mediawiki

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== Comment faire pour lire une fichier de séquence, quel que soit son format, avec Biojavax? ==
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Depuis le début de son développement, Biojava permet la lecture de fichiers de séquence écrit dans divers formats. Depuis Biojava 1.5 et l'ajout de l'extension Biojavax, la façon de faire pour lire les fichiers a quelque peu changer. Vous pouvez toujours utiliser la classe '''SeqIOTools''' mais elle est maintenant marquée comme obsolète et a été remplacé par la classe '''RichSequenceIO.Tools'''. Cette nouvelle classe crée des objets de la classe'''RichSequence''' qui préservent mieux le contenu en information des différents formats afin de s'hormoniser avec les bases de données se conformant à BioSQL; cette classe inaugure également l'utilisation des ''namespaces''. L'extension Biojavax permet aussi la création de nouvelles classes permettant la lecture de nouveaux formats.
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Depuis le début de son développement, Biojava permet la lecture de fichiers de séquence écrit dans divers formats. Depuis Biojava 1.5 et l'ajout de l'extension Biojavax, la façon de faire pour lire les fichiers a quelque peu changer. Vous pouvez toujours utiliser la classe '''SeqIOTools''' mais elle est maintenant marquée comme obsolète et a été remplacé par la classe '''RichSequenceIO.Tools'''. Cette nouvelle classe crée des objets de la classe '''RichSequence''' qui préservent mieux le contenu en information des différents formats afin de s'hormoniser avec les bases de données se conformant à BioSQL; cette classe inaugure également l'utilisation des ''namespaces''. L'extension Biojavax permet aussi la création de nouvelles classes permettant la lecture de nouveaux formats.
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Cependant pour la plupart des utilisateurs, ça reste académique! La procédure suivante montre les similitudes et les différences avec les techniques précédentes. '''RichSequenceIO.Tools''' vous permet de lire les fichiers (qu'ils soient d'ADN, d'ARN ou de protéines) écrits dans l'un des formats suivant:
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