Un simple modèle de Markov capable de produire des alignements est démontré dans le livre de Durbin et al., "Biological Sequence Analysis", à la page 30. ce modèle contient 3 états.

L'état ''Match'' (M) transmet des paires de symboles et est fortement biaisé pour transmettre des paires de symboles identiques(''match''). Il peut également transmettre des paires de symboles non-identiques (''mismatch''). Le code qui suit traite toutes les non-identités de la meme manière. Il est toutefois possible d'utiliser différentes probabilités d'états ''mismatch'' ce qui correspond alors à définir différentes matrices de substitution. Il existe également deux états d'insertion (I1 and I2) qui transmettent des paires symbole-gap ou gap-symbole respectivement; ceux-ci correspondent è l'insertion d'espace dans la séquence inconnue ou la séquence témoin. L'état représenté par l'étoile correspond au point de départ et d'arrivée, ce que BioJava appelle l'état "magique".